José Kowalski nasceu em Siedliska perto de Rzeszów, na Polónia, a 13 de março de 1911, filho de Wojciech e Zofia Borowiec, o sétimo de nove filhos. Os seus pais, católicos praticantes, eram camponeses proprietários de uma pequena fazenda. Distinguindo-se por uma piedade pouco comum, pela diligência, alegria e espírito foi amado por todos.
Depois de terminada a escola primária, os pais inscreveram José no colégio salesiano de Oswiedm (Auschwitz), onde ficou durante cinco anos. José distinguiu-se, rapidamente, pelo seu empenho no estudo e no serviço, e pela alegria sincera. Inscreveu-se na Companhia da Imaculada e na Associação Missionária, de onde se tornou presidente. Enamorou-se, literalmente, pelo carisma salesiano e pelo seu fundador, do qual procurou ser exemplo em tudo: empenho na animação, alegre nas festas religiosas e civis, presença apostólica no meio dos companheiros e, em particular, primar pela vida espiritual. Desde jovem estudante começou a escrever um diário, no qual podemos observar a sua devoção a Maria Auxiliadora e à Eucaristia: «Ó Mãe minha – escreve -, devo tornar-me santo pois é esse o meu destino. Ó Jesus, a ti ofereço o meu pobre coração (…). Faz com que eu não me afaste mais de Ti e que permaneça fiel até à morte: antes morrer que ofender-Te, mesmo que com um pecado pequeno. Devo tornar-me um salesiano santo, como o foi o meu pai Dom Bosco». Fez a sua profissão em 1928 em Czerwihsk e foi ordenado sacerdote a 29 de maio de 1938, em Cracóvia. Foi depois nomeado secretário inspetorial. Ensinava na paroquia um coro juvenil e ocupava-se dos jovens mais difíceis.
Em 1939, a Polónia foi ocupada, mas os salesianos continuaram o seu trabalho educativo. Foi esta a principal razão do dramático ataque ocorrido a 23 de maio de 1941: a Gestapo capturou Dom Kowalski, juntamente com outros 11 salesianos, que trabalhavam em Cracóvia. Inicialmente, foi feito prisioneiro na prisão de Montelupich, na mesma cidade; dali foi transferido, a 26 de junho, para o campo de concentração de Auschwitz, recebendo o número 17.350. Ali, dedicou-se, secretamente, ao apostolado: confessava, celebrava missa, recitava o rosário, fazia conferências, secretamente – tal como Dom Bosco -, reforçando a ideia nos companheiros da prisão da alegria de lutar pela sobrevivência.
Sofreu dor, vexação e humilhação. Descoberto com o rosário na mão, recusou-se a pisá-lo, acelerando, assim, o seu martírio, que ocorreu em Auschwitz a 14 de julho de 1942. O seu corpo primeiro foi deitado no contentor dos excrementos, depois foi queimado no crematório do campo. Os seus companheiros começaram a venerar a sua memória, acreditando que o seu sacrifício deu frutos nas vocações polacas. Até o Papa João Paulo II foi da mesma opinião, e interessou-se, pessoalmente, pela causa dos diversos mártires polacos, que juntamente com José Kowalski foram beatificados em Varsóvia a 13 de junho de 1999.